Kenzô Tenma, le personnage principal, est un jeune neurochirurgien japonais à la compétence hors norme. Il est destiné à une brillante carrière et fiancé à Eva Heineman, la fille du directeur de l'hôpital.
Pourtant, un jour il refuse de donner en priorité ses soins au maire de la ville et préfère opérer un garçon , Johann, blessé d'une balle dans la tête, arrivé à l'hôpital avant le maire. La s½ur jumelle du garçon, Anna, très choquée, est elle aussi hospitalisée. Leurs parents adoptifs viennent d'être assassinés sauvagement chez eux d'une balle dans la tête. Le garçon s'en sort, mais le maire, confié à un autre chirurgien, décède.
Le Dr Tenma est alors rétrogradé par le directeur de l'hôpital, père d'Eva et celle-ci le quitte. Peu de temps après, trois hauts responsables corompues et qui avait été à la clé du retrogradement— dont le directeur — de l'établissement meurt par empoisonement. Ils avaient tous mangé des bonbons de Johann. Bizarement, le soir des meurtres, celui-ci et sa soeur disparaissent.
Neuf ans plus tard, plusieurs meutres de couples sans enfants ont continué de faire faire trembler l'Allemgne. Alors qu'il soigne un suspect blessé qui aurait un rapport avec ces meurtres et qui reste traumatisé par une personne, "un monstre". Tenma se retrouve nez à nez avec Johann, après qu'il ai tué le supect. Terrifié, il se rend compte que le petit garçon qui l'a sauvé est : LE MONSTRE dont tout le monde parle.
C'est l'inspecteur Runge de la police criminelle — un homme rigide à tendance obsessionnelle — qui reprend en charge l'enquête après la police de province allemande ; il soupçonne évidemment Tenma, qui avait gagné le poste de chef de service de chirurgie suite aux décès de ses collègues. S'appuyant sur les faits plutôt que les rumeurs s'amplifiant autour de la personnalité du Dr Tenma, Runge le poursuit sans relâche, tandis que le docteur et Anna, amnésique, suivant les corps qui le précède, sont à la recherche de Johann, pour l'arrêter.
On apprend au fil du récit, que Johann et sa s½ur Anna sont des enfants issus de pratiques eugénistes, dans le but de créer des enfants beaux, intelligents, parfait en République Tchèque. Séparé de leur mère, leur jeunesse traumatisante d'enfants-cobayes, parmi d'autres de l'orphelinat du Kinderheim511 de Berlin Est explique les objectifs apocalyptiques de personnages haut placés, qu'ils soient communiste ou nazi, de créer des monstres sans nom...
